Hay muchos conversores profesionales, de pago, pero aquí presentaremos uno gratuito y que funciona. Hacerlo con VLC no sé si es posible pero desde luego no es fácil, ya que normalmente genera sólo el audio (aunque se pida transcodificar el video). Vamos ya al grano.

La herramienta para la conversión es ffmpeg, que se puede obtener en la página

http://ffmpeg.org

Para bajarlo, ejecutar en un terminal el comando:

svn checkout svn://svn.ffmpeg.org/ffmpeg/trunk ffmpeg

desde el directorio en el que quieras guardar los fuentes (en una subcarpeta ffmpeg). Luego hay que seguir las instrucciones de INSTALL, es decir, los pasos (desde dicha subcarpeta):

./configure --prefix=/usr

make

(esperar a que acabe, ignorando los warnings)

sudo make install

y ya podemos usarlo para convertir el fichero infile.MTS a MP4 (poner nombre en outfile):

ffmpeg -i infile.MTS -sameq -f mp4 -vcodec mpeg4 outfile.mp4

El fichero mp4 generado se puede importar en iMovie para editarlo y generar la película.